Su origen es incierto, pero hay una teoría que dice que son originarios de las Islas Kurieles y que probablemente llegaron a Japón como gatos de barco. En 1602 se decreto que todos los Bobtail tenían que ser liberados para controlar la población de ratas que estaban afectando a la industria del arroz y la seda.
En 1968 Elisabeth Frevet y Lym Beck introdujeron el Bobtail japones en América.